净化工程是在一定空间范围内，将空气中的微粒子、有害空气、细菌等污染物排除，并将室内温度、洁净度、压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内的工程学科。实验室空气净化工程所特别设计的房间，不论外在空气条件如何变化，室内均具有维持原先所设定要求之洁净度、温湿度及压力等性能。
洁净厂房实验人员除了要穿上实验防护服外，在处理传染源、感染动物及被污染的仪器时，必须戴手套。进入内有感染动物的房间时，还应采取呼吸和面部保护措施。
实验室内，门口附近应安装一个全自动洗手池。在处理病源的区域，墙面、地面、天花板表面应光滑防水，接缝密封，对实验室常用化学试剂和消毒剂具有耐腐蚀性，易于清洗、消毒。地板注意整体性及防滑，建议在地板凹处使用掩蔽罩。实验桌应能承受预期的重量，其表面材料应能防水、耐热、耐有机溶剂、耐酸碱及其它消毒的化学物质。整体布局时要注意，实验桌、安全柜以及各设备间的空间应便于打扫。
实验室应有管道排气系统，风向从“洁净区”到“污染区”。排出的空气不再循环至建筑物内的任何其他区域。
外部排气口要远离有人区、进风口，否则需经过HEPA过滤。实验人员必须证实进入实验室的风向是正确的。建议在实验室的入口处设置可视的监视装置，表明和证实进风的风向。要考虑安装HVAC控制系统，防止实验室持续正向增压。同时应安装声音报警装置，警告实验人员HVAC系统出了问题。并且至少每年要测试HEPA系统，确保工作正常。
有关传染源的所有操作、感染动物的验尸、从感染动物或胚胎卵采集组织或液体等，都应在二级或三级生物安全柜中进行。生物安全柜的放置地点应远离门、房间通风百叶窗和实验室内行走区。应至少每年都通过测试和认证，保证由安全柜排出的、经HEPA过滤器过滤的空气，可进入实验室循环。当二级生物安全柜通过建筑物排气系统排出空气时，安全柜的排气管路的连接应避免对安全柜的空气平衡或建筑物排气系统的空气平衡产生干扰。当使用III级生物安全柜时，要和排气系统直接连接。若三级安全柜和供气系统相连，应避免安全柜正向增压。
当操作不能在生物安全柜中进行时，应使用个人防护设施如口罩、面罩等防范装备。而实验室中的其它配套仪器也以配有安全罩，密闭设备或其它物理防范设施为宜。处理实验垃圾的设施最好放在实验室内。垃圾运出实验室时应当密封，不应通过公共通道运送。
此外，实验室空气净化工程的光线应适于开展所有的工作，避免反光和闪光，以免妨碍视觉。实验室还应当配有眼睛冲洗装置。